2025年3月16日より、「名探偵コナン列車」の「青赤車両」編成と「探偵車両」編成うち「青赤車両」編成のデザインがリニューアルされ「白の車両」「黒の車両」となって運行されます。「白の車両」は「コナンと仲間たち」のラッピングデザインに、「黒の車両」は「対立する黒ずくめの組織」のラッピングデザインとなります。また、車内のトイレ入口は、コナンと黒ずくめの組織のイラストで装飾され、お手洗いのピクトグラムは、工藤新一と毛利蘭を模したイラストになります。2025年3月16日14:40～15:05由良駅3番のりばにてリニューアルされた「名探偵コナン列車」の「白の車両」「黒の車両」の出発式が開催されます。なお、2019年度から運行してきた「青赤車両」は 2025年3月4日をもって運行を終了する予定です。